Milani está siendo investigado por su papel durante la última dictadura por supuesta participación en la represión ilegal. Aseguran que el teniente general le presentó su renuncia a Agustín Rossi. Estaba cuestionado por la causa del soldado Ledo, desparecido durante la dictadura.
El departamento de prensa de la fuerza a través de un escueto comunicado expresó: "El Ejército Argentino informa a los medios de comunicación que en el día de la fecha el Jefe del Estado Mayor General del Ejército, teniente general César Gerardo Milani, ha presentado su pase a retiro efectivo por razones estrictamente personales", dice el texto difundido este mediodía.
Milani está acusado de violaciones de los derechos humanos en Tucumán y La Rioja y fue designado por Cristina Kirchner en julio de 2013. A fines de ese año, el kirchnerismo logró aprobar en el Senado el ascenso a teniente general al cuestionado jefe del Ejército.