Carlos Urrutigoity figura entre los 300 religiosos que se mencionan en el informe de la Corte Suprema de Pensilvania como autores de abusos a menores. Antes de viajar a los Estados Unidos, el sacerdote estuvo un tiempo en Córdoba, aunque nunca ejerció el ministerio en Argentina.
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Fue trasladado del seminario por “comportamientos incorrectos” contra otros compañeros de formación religiosa, según reveló Monseñor Andrés Morello al diario ABC de Paraguay. El cura pasó un tiempo en la sede que tiene la congregación en la provincia mediterránea tras las primeras acusaciones de acoso.
Luego viajó a Norteamérica en 1991 para finalizar sus estudios. En el expediente de la Justicia de Pensilvania figura el testimonio en 2003 de un joven que lo denunció por abuso sexual.
Como el delito había prescripto al momento de la demanda, la víctima, que figura bajo el pseudónimo de John Doe, llegó a un acuerdo extrajudicial con el obispado local.
Por orden del Papa, años después el sacerdote fue trasladado a la ciudad paraguaya de Ciudad del Este. Sin sanciones, ahora reparte su tiempo entre la iglesia, Mendoza y Buenos Aires, lugar donde continúa estudiando.
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Javier Urrutigoity, su hermano y abogado, dijo a La Nación que el religioso "no ha sido condenado ni sancionado, ni por la justicia norteamericana, la paraguaya o por la canónica. En la Iglesia no hubo, tampoco, ningún proceso canónico formal que pudiera resultar en sanciones eclesiásticas. Tampoco hubo acusación de abuso sexual a menores".