Aunque había nacido en la provincia de Buenos Aires y fue obispo en La Plata y San Rafael, fue en Córdoba donde Primatesta se asentó como figura de la Iglesia argentina. Fue cuatro veces presidente de la Comisión Episcopal.
Estuvo 33 años al frente de la Arquidiócesis, entre 1965 y 1998. Su labor se extendió hasta bastante después de haber alcanzado los 75 años, la edad en la que los obispos deben presentar su renuncia al Vaticano. Dicen que había ayudado a Juan Pablo II a convertirse en Papa.
A principios de los convulsionados '70 fue nombrado cardenal por Pablo VI. Aunque él sostenía que no le gustaban los extremos se lo identificaba con la ortodoxia y fue un tenaz detractor de la Teología de la Liberación que había tomado fuerza en esa época.
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Se le reconoce que intervino en la mediación que logró evitar la guerra con Chile, en 1978. Tenía una relación tirante con el general Menéndez -uno de los más belicistas en ese momento- quien le decía “el obispo rojo”. Sin embargo, el premio Nobel de la Paz Adolfo Pérez Esquivel lo denunció en 2004, a raíz del secuestro y tortura de 5 misioneros de La Salette por no defender a los sacerdotes tercermundistas durante la dictadura. Los curas finalmente salvaron sus vidas por gestión de la embajada de EEUU.
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Primatesta, que nunca quiso recibir a las madres de Plaza de Mayo, defendió lo actuado por la Iglesia en los años de plomo y se opuso a una autocrítica institucional. “Era de jugarse poco”, sostuvo entonces otro obispo, Justo Laguna, aunque consideró que el saldo de su vida fue positivo. Él se defendió en una entrevista con la periodista Olga Wornat en 2001: “Nos equivocamos y mucho. Es verdad que podríamos haber hecho más, pero no sabíamos bien qué pasaba… ayudé a mucha gente a salir del país, a salvarse”.
El cardenal murió el 1° de mayo de 2006, hace 15 años. En la ceremonia de despedida en la catedral de Córdoba, hubo una multitud que lo quería y no faltaron las autoridades municipales y provinciales. La misa exequial en su homenaje fue concelebrada por su sucesor, Carlos Ñañez y por Jorge Bergoglio, entonces arzobispo de Buenos Aires.
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