El submarino pasó a cinco millas de la zona de Malvinas y tenía como misión controlar a los pesqueros británicos.
El submarino no partió desde el Atlántico Sur hacia Mar del Plata solo, sino con la flota de la Marina argentina y participó de la operación de mayor riesgo militar en ese plan conjunto cumplido hasta el fin.
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Clarín accedió a documentos de la Marina, clasificados con la categoría de “Confidencial”, que demuestran que el ARA San Juan no tenía como única misión patrullar por las aguas territoriales de la Argentina para detectar pesqueros extranjeros que podrían surcarlas y explotarlas de modo ilegal.
Se trató del hundimiento, adrede, de un buque en desuso de la Marina, que fue escogido como blanco de una ofensiva militar de naves de superficie y también submarinas como el San Juan.
Además, el submarino de debió haber salido a navegar el 25 de octubre, ya que no se realizaron los controles exigidos por la Inspección General de la Armada, según los demuestran documentos oficiales.
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Según se admitió, el ARA San Juan, en un momento de su travesía, habría navegado guardando una distancia de cinco millas con el límite “de la Corona”, como llamaron a la zona de conflicto con el Reino Unido sobre la soberanía de las Islas Malvinas.
Siempre de modo informal, en el Gobierno admiten que el San Juan tenía como una misión vigilar las aguas argentinas, pero en particular prestar atención a la ya antes comprobada aparición de pesqueros de bandera inglesa.
En la que resultó ser su última travesía, el San Juan tenía la orden de avistar e intentar conseguir material audiovisual de posibles naves intrusas en aguas de República Argentina.